Археологічні знахідки, архівні документи та перекази свідчать про те, що в X ст. біля гори Миска містилось городище з досить розвиненою культурою.
Точної дати заснування села не знайдено в письмових джерелах, але відомо, що село існувало під назвою Бадівка ще в період володіння Литовським королівством землями Східного Поділля (1385-1569 рр.).
У першій половині XVII століття Ободівка була великим містечком і входила до Брацлавського воєводства. Мандруючи Поділлям, у червні 1654 року, Булос ібн аз-Заїма аль-Халебі (Павло Халебський) залишив у своїх спогадах запис:
«Ми виїхали з Жабокрича: панотці в ризах з корогвами провели нас за місто, як це у них заведено. Дорогою ми проїздили через велику річку. На ній пороблено шлюзи для збирання риби та води для млинів, і ми тому вельми чудувалися.
Проїхавши дві милі, ми дістались до міста, значно більшого і кращого тих, які вже поминули, ім’я йому – Ободівка. Воно має чимале високе укріплення. Ми в’їхали таким же чином, як вже розповідалося, мостом над ставком у середмісті. Назустріч нам вийшли, за звичаєм, панотці в ризах, з хрестами і корогвами, а також урядовці міста і все його населення, навіть діти та жінки. У місті стоять дві дерев’яні церкви: в ім’я Успення Богородиці й Святого Михайла, величні та високі, з банями та дзвіницями, що привертають увагу ще звіддалеки. Нам траплялося відвідувати пишні церкви зимові і літні, з численними скляними вікнами, які тішать око; їх збудовано нещодавно, вже за гетьмана Зіновія Хмеля (хай продовжить Господь життя його!). На честь найшанованіших святих у козаків даються імена, як чоловікам, так і жінкам. Священики ж їхні мають особливий знак: вони носять ковпаки з чорного сукна з чорною опушкою, які не відрізняються від оксамитових. У багатих панотців ковпаки з чорного оксамиту і з соболиним хутром. Протопіп носить суконний капелюх з хрестом; багаті – чорний оксамитовий. Перед архієреями вони стоять простоволосі,так само і в церкві.
Ми вирушили з Ободівки в середу вранці 14 червня і їхали поміж садами, яким нема кінця-краю, і річками праворуч і ліворуч. Розмаїті посіви заввишки в людський зріст розливалися на всі боки, наче величезне море…»
У 1718 році селище належало Йосифу Потоцькому. У 1786 р. разом із сусідніми селами продане Станіславу Потоцькому , а в 1787 – Каетану Собанському.
Собанські оселилися в Ободівці на 130 років. Цей рід, герба Юноша, походив з Собаніце, що знаходиться у Мазовії. У XVII столітті Собанські належали до дрібної шляхти, а у XVIII у їхній власності були значні маєтності східних воєводств Речі Посполитої. Собанські займали високе становище у суспільстві і приймали активну участь у різних історичних подіях.
У 1812 році місцевий поміщик — шляхтич Міхал Собанський (1755—1832)— отримав для Ободівки право називатись містечком. Палац в 1900 році був перебудований наступником, теж Міхалом Собанським молодшим. Від фронту портик з рядом чотирьох колон, по боках вони подвійні. Біля палацу парк, який було закладено Діонісієм Міклером.
З серпня 1924 року в маєтку поселились бійці кінармії Котовського, організувавши тут «Бессарабську комуну». Палац, який нараховував 77 кімнат комунари вважали непридатним для житла через великі розміри приміщень. В кінці 1920-их років комунари добудували одноповерхову частину палацу, яка утворювала внутрішній дворик, другим поверхом. Невдовзі у палаці відкрився будинок відпочинку для командного складу 2-го кавалерійського корпусу.
1959 створено Ободівський краєзнавчий музей
23 лютого 2014 року у селі невідомими було завалено пам’ятник Леніну.
